Должен ли экспедитор заполнять и сдавать журнал учета полученных и выставленных счетов-фактур при работе по единой ставке на услуги?

Добрый день!
Очень долго спорим с экспедитором. 
Наш груз приходит в порт. Экспедитору даем поручение на доставку груза до клиента из порта. Ставка, например, 100 000 руб. Это только автоперевозка из порта до клиента. Далее при исполнении поручения у экспедитора возникают портовые доп. расходы, такие как ППР, обработка в порту и тд). Данные расходы он нам не перевыставляет (как он сам говорит), а показывает выручку на эту сумму и включает в расходы.
Получить от них подтверждающие документы очень сложно. Говорят, что не обязаны их предоставлять, а предоставляют по доброте душевной. При том, что были ситуации, когда после получения подтверждающих документов, сумма по счету на эти расходы существенно уменьшалась.
По запросу они предоставили мне журнал учета полученных и выставленных счетов фактур, в котором отражены эти доп. расходы. 
Вот и вопрос - если экспедитор включает в ставку (по его мнению, это так) доп. расходы, то должен ли он оформлять  журнал учета полученных и выставленных счетов фактур? Или должен отразить данные расходы в книге покупок?
Спасибо!